故事紧接第一作的结局剧情而展开。在爆丸中，初代爆丸6战士在合力击败掌握沉寂核心的白色怪兽白龙之后，爆丸世界和人类世界恢复了和平。但是和平只是短暂的，在那不久之后的一天，因意外的时空扭曲出现了一个空间联结，从那里出现了一个企图利用爆丸侵占世界的邪恶组织Hex，他们对爆丸世界实施侵略