这一季也是《迷失》的最后一季。第六季同样是跟随两个时间线，两条时间线在第五季结尾核弹爆炸后出现。第一条时间线，称为“闪边世界”，海洋航空815航班没有坠毁于小岛上。第二条时间线，是原来的时间线，在核弹爆炸后，生存者们时空转移回到现在，并需要处理雅各的死，及面对一名神秘的黑衣人（黑烟）。