六名青少年忍者共同守卫他们的家园——忍者岛。夜晚，他们会化身为忍术高强的勇士，驾驶着炫酷的座驾，对抗各种反派，怪兽，白天，他们则不过是一个个忍受着高中生活折磨的中学生。教导这群少年成为忍者的人，是一位名叫吴大师（成龙配音）的东方武者。然而，这里有一个很大的矛盾——大反派伽玛当（贾斯汀·塞洛克斯配音）与忍者之一的劳埃德（戴夫·弗兰科配音）是一对父子。有一天，他们所居住的地方来了一个更大的敌人——喵怪兽，他体型巨大，轻易就能推倒一幢建筑物，于是父子站到了一边，联手对抗这个敌人。